Berdirinya Direktorat Jenderal Bina Konstruksi (DJBK) sebenarnya sudah dirintis sejak era 1970-an, pada masa awal Rencana Pembangunan Lima Tahun (Repelita). Pada saat itu pembangunan infrastruktur nasional, yang dibiayai dari pinjaman luar negeri, mulai dijalankan secara masif. Penyelenggaraan jasa konstruksi ikut berkembang karena adanya persyaratan jasa konsultansi untuk pengawasan konstruksi. Pembangunan masif juga membutuhkan tenaga kerja konstruksi yang ahli dan terampil. Saat itu penyelenggaraan pendidikan dan pelatihan teknis untuk tenaga kerja konstruksi masih dilakukan secara terpisah di masing-masing unit organisasi Departemen Pekerdjaan Umum dan Tenaga Listrik (PUT). Fungsi Pusat Pendidikan dan Pelatihan (Pusdiklat) lebih kepada pengembangan karier pegawai negeri sipil di Departemen PUT.
Pada tahun 1999 terbit peraturan perundangan pertama yang mengatur soal jasa konstruksi yaitu UU No 18 Tahun 1999 tentang Jasa Konstruksi dan dibentuk Pusat Pembinaan dan Pelatihan (Pusbinlat) di bawah Departemen Permukiman dan Pengembangan Wilayah (Kimbangwil). Untuk peningkatan kapasitas sumber daya manusia di sektor konstruksi, Departemen Kimbangwil membentuk Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BPSDM). Badan ini membawahi 3 (tiga) Lembaga, salah satunya yaitu Pusat Pelatihan Jasa Konstruksi (Puslatjakon).
Pada tahun 2001 dibentuk Badan Pembina Konstruksi dan Investasi (Bapekin) dibawah Departemen Permukiman dan Prasarana Wilayah (Kimpraswil). Nama Departemen Kimpraswil hanya bertahan kurang dari 5 (lima) tahun karena pada tahun 2005 nomenklatur instansi kembali menjadi Departemen Pekerjaan Umum (PU). Hal ini berimbas pada penyatuan Bapekin dan BPSDM menjadi Badan Pembinaan Konstruksi dan Sumber Daya Manusia (BPKSDM).
Pada tahun 2010 seiring dengan perubahan nomenklatur ‘Departemen’ menjadi ‘Kementerian’ oleh Kabinet Indonesia Bersatu II, dibentuk badan baru di BPKSDM, yakni Badan Pembinaan Konstruksi (BP Konstruksi) yang kedudukannya setara dengan eselon 1 (satu), dengan struktur organisasi yang terdiri atas sekretariat badan, pusat-pusat pembinaan konstruksi, dan balai-balai sebagai unit pelaksana teknis.
BP Konstruksi berjalan selama 5 (lima tahun) karena disebabkan adanya perubahan struktur organisasi secara masif di Kementerian PU yang berubah menjadi Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) melalui Perpres 15 Tahun 2015. Salah satu dampak penyatuan dua kementerian ini adalah urusan jasa konstruksi yang sebelumnya dilaksanakan oleh unit organisasi setingkat badan dinaikkan tanggung jawabnya menjadi level direktorat jenderal. Maka BP Konstruksi bertransformasi menjadi Direktorat Jenderal Bina Konstruksi (DJBK).
Pada tahun 2018 terjadi perubahan struktur organisasi di Kementerian PUPR akibat adanya Perpres 16 Tahun 2018 tentang Pengadaan Barang dan Jasa Pemerintah. Fungsi investasi tidak lagi ditangani oleh DJBK melainkan dialihkan ke Direktorat Jenderal Pembiayaan Infrastruktur (DJPI). Pada tahun 2019 dibentuk unit kerja baru di DJBK yang menangani proses pengadaaan di Kementerian yaitu Direktorat Pengadaan Jasa Konstruksi dan selanjutnya dibentuk Unit Pelaksana Teknis (UPT) Balai Pelaksana Pemilihan Jasa Konstruksi (BP2JK) yang tersebar di 34 (tiga puluh empat) Provinsi di Indonesia.
Pada Tahun 2024 Kementerian PUPR dipecah kembali menjadi Kementerian Pekerjaan Umum (PU) dan Kementerian Perumahan dan Kawasan Permukiman. Seiring dengan meningkatnya tuntutan akuntabilitas dan transparansi, serta penguatan sistem pengendalian intern pemerintah (SPIP), terjadi perubahan struktur organisasi DJBK di bawah Kementerian PU, yaitu dibentuknya Direktorat Kepatuhan Intern dan hilangnya unit kerja Direktorat Penyelenggaraan Jasa Konstruksi, serta perubahan nomenklatur pada beberapa direktorat, diantaranya Direktorat Kelembagaan dan Sumber Daya Konstruksi diubah menjadi Direktorat Usaha dan Kelembagaan Jasa Konstruksi, Direktorat Kompetensi dan Produktivitas Konstruksi diubah menjadi Direktorat Kompetensi dan Produktivitas Tenaga Kerja Konstruksi, dan Direktorat Keberlanjutan Konstruksi menjadi Direktorat Keselamatan dan Keberlanjutan Konstruksi.